Nació en 1816 en el seno del matrimonio compuesto por don José Antonio Salcedo y doña Luisa Ramírez y Marichal. Sus padres, que nacieron en Baracoa (Cuba) pero que se criaron en Montecristi, eran hijos de dominicanos que emigraron por causa de la cesión de Santo Domingo a Francia. Los Salcedo-Ramírez viajaron en 1815 a Madrid (España), donde habría de nacer José Antonio "Pepillo", reflejo de la costumbre típica de la aristocracia colonial americana de viajar a Europa.
Fue descrito por sus contemporáneos como un hombre culto, bastante instruido; de piel blanca, cabellera rubia, ojos azules, musculatura recia, y pequeño de estatura; abierto y simpático, aunque en ocasiones, de temperamento sanguíneo; buen jinete, y liderato incuestionable.
Pepillo Salcedo fue uno de los militares que más se distinguió en la lucha contra las tropas militares de Haití, que invadían con frecuencia el territorio de la República Dominicana. Más tarde fue uno de los militares distinguidos en la Guerra de la Restauración.
Por sus méritos fue escogido el 14 de septiembre de 1863, como primer Presidente del Gobierno de la Restauración y fue derrocado por un movimiento que encabezó el general Gaspar Polanco el 9 de octubre de 1864.
El día 27 de octubre de 1845, tropas del Ejército de la República Dominicana al mando de Salcedo vencieron a fuerzas militares invasoras de la República de Haití, en la batalla de Beller.
Salcedo es conocido por haber participado en la Guerra de Restauración que tuvo como objetivo la restitución de la República Dominicana.
Durante el mes de febrero de 1861 el General Hungría, que había sido jefe de Pepillo en la batalla de Sabana Larga, junto a otros militares dominicanos y oficiales españoles que se encontraban en el país, recorrían la Línea Noroeste recogiendo firmas para apoyar la anexión a España . Hungría hizo comparecer a Pepillo ante su persona en el poblado de Guayubín . Salcedo cuando estuvo frente a Hungría no quiso desmontarse de su caballo, conociendo para lo que había sido llamado. Cuando Hungría le pidió que firmara el documento Pepillo con ruda firmeza le respondió: No puedo aceptar con mi firma la anexión, puesto que soy un soldado de la Independencia, en la guerra por la Patria serví a usted con gusto pero en esta cesión no le acompaño.
Al terminar estas palabras con la decisión que era característica de su persona, sin despedirse, clavo su caballo y salió del pueblo. Al momento de emprender la marcha a la salida del lugar, venida una tropa española marchando al toque de trompetas y redoble de tambores, el caballo de Salcedo se espantó con el ruido y le tumbo. Encarándose al Coronel que comandaba la unidad militar, lleno de cólera le dijo: Carajo...!!
A partir de ese momento y consumada definitiva mente la anexión, las autoridades españolas le hicieron la vida imposible a Salcedo. Tiempo después en un corte de madera de los varios que tenía fue atacado por uno de sus peones y Pepillo , en legitima defensa, apuña leo al agresor quien murió poco tiempo después. Las autoridades le hicieron preso acusándolo de un crimen que desde el punto de vista jurídico no tenía justificación. Detenido en la Fortaleza de Santiago, Pepillo se fugo en los días en que se iniciaba el levanta miento del 16 de agosto de 1863 . se presentó a los patriotas que encabezaban el movimiento Restaurador en la Villa de Guayubín y se sumó al ejército en el inicio mismo de la nueva guerra de Independencia. Participó en varios combates y fue uno de los jefes militares que sitio la ciudad de Santiago, obligando a las tropas españolas, después del incendio de la Villa, a retirarse hasta Puerto Plata.
Sus condiciones Innatas de guerrero, su ilustración , su carisma, y el valor que había demostrado en el campo de batalla, lo hicieron acreedor por sus compañeros de armas para ser promovido y elegido a la presidencia de la República recién restaurada. José Antonio Salcedo, conocido popularmente como Pepillo, fue el primer presidente del Gobierno Restaurador.
Como contra-peso a sus cualidades de hombre de acción, Salcedo, carecía de poder de decisión y cuando su carácter se violentaba era caprichoso y agresivo. La autoridad y el respeto que había ganado en el campo de batalla los fue perdiendo por sus decisiones impulsivas, que no correspondían a las funciones que con energía y seriedad, estaba obligado a ejercer la figura política y militar más importante del gobierno Restaurador.
Después del grito de Capotillo, gesta iniciadora de la más grande epopeya militar en la historia de la República Dominicana, el General Santiago Rodríguez, comandante principal, se vio obligado, por razones de salud a permanecer en su casa de Sabaneta. En ese momento, nombrado el general José Antonio Salcedo (Pepillo), Presidente del gobierno Restaurador y comandante en jefe de la revolución, Pepillo, tenía grandes conocimientos militares y había participado junto al eminente General José Hungría en diversos combates durante las guerras de independencia. El prestigio de Salcedo era altamente respetado, no solamente en lo militar, sino también en el aspecto de su preparación intelectual y moral. Salcedo tenía una incuestionable aceptación general para ocupar las delicadas funciones que se le encomendaban. En el conocimiento educativo por encima de todos sus compañeros militares; hombres que habían surgido de manera improvisada en el fragor de los acontecimientos, y que provenían de los extractos más humildes de la sociedad dominicana de la época, tales son los casos de personajes que luego descollaron en la vida política y militar de la república, como fueron: Gregorio Luperón, Ulises Heureaux (Lilís), Gaspar Polanco y Benito Monción, entre otros.
José Antonio Salcedo (Pepillo) por espacio de más de un año había dirigido los asuntos del gobierno restaurador con asiento en Santiago, y, además, en persona, comandaba las tropas que enfrentaban a los españoles en los magnos acontecimientos para restaurar la independencia de la nación. Se ha de entender que para este insigne patriota, semejantes responsabilidades llegaron a colmar los límites de su capacidad humana.
Salcedo, conocedor del entramado en que se encontraba, rodeado por grupos de jefes militares ambiciosos, semianalfabetos y analfabetos, junto a políticos conspiradores envidiosos, decidió presentar renuncia a sus puestos para así no dividir el movimiento restaurador y evitar grandes males al país.
Pepillo nombró una comisión para negociar con el Teniente General La Gándara un acuerdo de paz para dar fin al conflicto armado. Ambos bandos estaban exhaustos, y tanto los españoles, como dominicanos languidecían por falta de recursos. La Gándara veía diezmadas sus tropas, esperando los prometidos refuerzos desde España que no acababan de llegar, y los dominicanos desangrándose en una lucha armada de más de un año.
El Presidente Salcedo había enviado a Estados Unidos al experimentado político Pablo Pujols para recabar la ayuda del Presidente Lincoln. Este tenía suficientes problemas con la guerra de secesión entre los estados del norte y sur de la Unión, y solamente ofreció vagas promesas al enviado dominicano. Esto llegó a oído del general La Gándara y aprovechó la circunstancia para obrar en consecuencia en las negociaciones con Salcedo. La comisión negociadora con el comandante español que se trasladó a Montecristi estaba compuesta por: Pablo Pujols, Belisario Curiel, Ricardo Curiel, Alfredo Deetjen, Pedro Antonio Pimentel y el Coronel Manuel Rodríguez Objío. Después de dos días de negociaciones no se llegó a ningún acuerdo. Los dominicanos pedían la salida de los españoles y La Gándara decía que no tenía autorización para tomar esta decisión. En fin fracasó el intento de dar por terminada la lucha.
Al regresar los comisionados de Montecristi, la conspiración contra Salcedo se intensificó, e importantes miembros del gobierno restaurador, como Ulises Francisco Espaillat y Benigno Filomeno de Rojas entraron abiertamente a participar en la conjura. Salcedo propuso su renuncia, y en esas conversaciones cometió la imprudencia de mencionar como su posible sustituto a Buenaventura Báez, alegando que era hombre de Estado. Ahí mismo firmó su sentencia de muerte, ya que todos los presentes eran del Partido Azul y, por ende, enemigos a muerte del caudillo rojo.
Cuando Pepillo regresó a Santiago de su frustrada campaña militar del Este, al ver el caos existente en el gobierno, preguntó por Pedro María Pimentel que no se encontraba en su puesto de mando, sino que estaba en casa de una enamorada desde hacía varios días en detrimento de la disciplina y el buen funcionamiento de las operaciones militares. El General Salcedo lo increpó drásticamente por su irresponsabilidad, y éste inmediatamente se dirigió donde el General Juan Antonio Polanco (su padre de crianza) influyente jefe militar y hermano de Gaspar Polanco, líder militar en la conspiración contra Salcedo.
Los hermanos Polanco, conjuntamente con Benito Monción, acordaron dar fin al gobierno restaurador y asesinar a Pepillo. Después del golpe militar, y sabiendo la enemistad existente entre Luperón y Pepillo, Gaspar Polanco pensó involucrar al primero en la muerte de éste.
Luperón, viejo zorro, se dio cuenta del plan, y aun siendo enemigo a muerte del General Salcedo lo condujo a Haití para tratar de proteger su vida.
El general haitiano en la frontera, Philantrope Noel, se negó a recibir a Salcedo como expatriado, y Salcedo fue devuelto a Montecristi. Varias semanas más tarde, fue conducido a la playa de Maimón en Puerto Plata, con el engaño de que iba a ser defensor en la zona de una supuesta invasión española. Fue engrillado y fusilado el el 5 de noviembre de 1864, fue fusilado en Maimón, Puerto Plata, el ex Presidente José Antonio –Pepillo- Salcedo por orden expresa de Gaspar Polanco. Fue fusilado en la Playa de Maimón a los 48 años de edad.
Los principales cómplices en el asesinato de José Antonio Salcedo fueron José Antonio Polanco, Benito Monción, Pedro María Pimentel, y quien firmó la orden, Gaspar Polanco.
Este horrendo crimen consternó a la sociedad santiaguera, que veía en Pepillo un ejemplo de valentía, honestidad y moralidad, al extremo de que el eminente hombre de letras y patriota consumado, Pedro Francisco Bonó, renunció del gobierno, y abandonó a Santiago prometiendo no regresar jamás a esa ciudad.
En el año 1928, la sociedad “Amantes de la Luz” transportó los restos de Salcedo de la Fortaleza de San Felipe de Puerto Plata a la Iglesia Mayor de Santiago.
La ciudad de Manzanillo, en la provincia de Monte Cristi, fue nombrada en su honor en 1949, siendo conocida desde entonces como Pepillo Salcedo.
